Karel IV is gekroond tot koning van Bohemen en heerser over het Heilige Roomse Rijk. Vanuit zijn kasteel in Praag houdt hij toezicht op de bouw van nieuwe vestingwerken: een brug over de Vltava rivier, een universiteit, en een kathedraal die binnen de muren van het kasteel zelf verrijst. Praag behoort al tot de grootste steden van Europa. Koning Karel zal er de hoofdstad van een keizerrijk van maken!
In Praga Caput Regni kruipen de spelers in de huid van rijke burgers die verschillende bouwprojecten in het middeleeuwse Praag organiseren. Door hun rijkdom uit te breiden en aan de bouw mee te werken, winnen ze gunst bij de koning. De spelers kiezen op het spelbord - de "actiekraan" - uit zes acties die altijd beschikbaar zijn, maar die gewogen worden met een voortdurend verschuivende reeks kosten en baten. Door deze acties te gebruiken kun je je grondstoffen vergroten, de kracht van je gekozen acties verbeteren, en "Nieuwe Praagse Stad", de Karelsbrug, of stadsmuren bouwen. Je kunt eventueel extra acties krijgen of zelfs meewerken aan de bouw van de St. Vitus Kathedraal.
Slimme spelers zullen synergieën ontdekken tussen zorgvuldig getimede acties en de beloningen van het bouwen van burgerlijke projecten, naarmate alle mechanismen in elkaar grijpen. Aan het eind van het spel wint de speler die de meeste indruk op koning Karel heeft gemaakt.
